某日,小新(矢岛晶子 配音)、小葵和美伢(楢桥美纪 配音)被一群神秘人物绑架,醒来之后发现身处一间神秘的基地之内,原来,这里是名为“温泉G组”的秘密组织,意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而,横空出世的污垢达人博士(家弓家正 配音)企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。
唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的,就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”,而组员们经过调查,发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉,却遭到了污垢达人博士的袭击,并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。这块令牌除了我的近卫尉迟镛,你是第二个拥有的人,看到它就如我亲临,敢有违抗命令的,你可以格杀勿论,即便没有违抗你的命令,只要你有正当理由,除我卫家血亲,其余人等你可以先斩后奏!