讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物卫剑雄是一个宽厚而勤劳踏实的人,这一点,元帅府里是尽人皆知,即便是记忆混乱的陈源,这么半天的工夫也感觉到了卫剑雄的沉稳。的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……